Viengrandė mRNR molekulė net tik koduoja viruso baltymą, bet yra ir stiprus imuninis dirgiklis, į kurį reaguoja mūsų organizmo imuninės ląstelės. Todėl tiek po pirmos, tiek ir po antros vakcinos dozės atsiranda vietinės ir sisteminės nepageidaujamos reakcijos. Audringesnė imuninė reakcija labiau būdinga jaunesniems žmonėms bei po antrosios vakcinos dozės.
Nepageidaujamų reakcijų simptomams mažinti rekomenduojama NVNU, tačiau premedikacija nerekomenduojama, nes gali sumažinti imuninio atsako formavimąsi.
Tikėtina, kad kuo stipresnė nepageidaujamų reakcijų išraiška, tuo intensyvesnis vystosi specifinis imuninis atsakas.